Az Európai Unióban csak az uniós jogszabályoknak megfelelő engedéllyel lehet GMO-kat kibocsátani akár takarmány-, akár élelmiszercélú felhasználásra. A géntechnológiával módosított élelmiszerekről és takarmányokról szóló 1829/2003/EK rendelet értelmében azok az élelmiszerek, és takarmányok, amelyek GMO-kat tartalmaznak, vagy azokból állnak, vagy azokat GMO-kból állították elő 0,9% felett jelöléskötelesek.
Ugyanakkor a rendelet alapján bizonyos állati eredetű termékek kívül esnek a jelölési kötelezettségen. Például a GM takarmányt fogyasztó állatok tejét, húsát, tojását nem kell jelölni. A technológiai segédanyagok, amelyeket csak az élelmiszer vagy a takarmány előállításának folyamata során használnak, szintén nem tartoznak a rendelet hatálya alá, így ezekre sem vonatkozik a jelölési kötelezettség.
Az „inverz jelölés” (fordított jelölés), azaz a GMO-mentesség címkézése már évekkel ezelőtt fontos kérdésként merült fel az Unió egyes tagállamaiban. Ennek eredményeképpen, a GMO-mentes mezőgazdasági stratégia elemeként, Magyarországon 2016-ban vezettük be a GMO-mentes jelölést. A jelölés alapja a GMO-mentességre utaló jelölésről szóló 2016. szeptember 15-én megjelent 6/2016. (IX.15.) FM rendelet.