A magyarországi és az uniós jogszabályoknak megfelelően a géntechnológiával módosított szervezetek engedélyezési folyamata során a környezet és az emberi egészség védelme érdekében maximálisan törekedni kell az elővigyázatosság elvének alkalmazására, a várható hatások, kockázatok pontos felmérésére, becslésére.
A kockázatértékelés célja az, hogy meghatározza és felbecsülje a GMO-k közvetlen vagy közvetett, azonnali vagy késleltetett esetleges káros hatását, valamint számba vegye a GMO-k hosszú távú hatásait a környezetre és az emberi egészségre. A kockázatértékelés figyelembe veszi, hogyan állították elő a genetikailag módosított terméket, milyen új génkombinációt tartalmaz, és megvizsgálja a kockázatokat (pl. tartalmaz-e a termék toxikus vagy allergén fehérjéket) és a génátvitel lehetőségeit (pl. átkerülhetnek-e az antibiotikum-rezisztencia gének más szervezetekbe). A kockázatértékelés eredménye, végső konklúziója szolgál a GM termékre vonatkozó döntés, valamint az engedélyezés utáni kockázatkezelési és egyéb intézkedések alapjául. Az uniós jogszabályok szerint csak akkor szabad egy GMO-t engedélyezni, ha az egészségügyi és környezeti szempontból is megfelelőnek, veszélytelennek bizonyult.