Az EU már az 1990-es évek elejétől megkezdte a GM szervezetekre vonatkozó jogi szabályozás kidolgozását, és specifikus szabályozást vezetett be a lakosság egészsége és a környezet védelme érdekében.
Az első jogszabály 1990-ben született meg (90/220/EGK irányelv), és a genetikailag módosított szervezetek környezetbe történő szándékos kibocsátását szabályozta. Az irányelv a genetikailag módosított szervezetekre vonatkozóan előzetes engedélyezési eljárást vezetett be.
Ezt követte a 2001/18/EK irányelv, amely elődjénél szigorúbb szabályozást tartalmaz. Előírja például, hogy bármely GMO környezetbe történő kibocsátását, illetve forgalomba hozatalát megelőzően környezeti kockázatértékelésre van szükség. Az engedélyezés érdekében a kérelmezőnek részletes dokumentációt kell benyújtania, amely tartalmazza a környezeti kockázatértékelésre és az annak alapján szükséges biztonsági előírásokra vonatkozó információkat, termékek esetén a felhasználási útmutatóra, a címkézésre szolgáló javaslatot is. A kockázatértékelés az egészségügyi veszélyeket is felméri és elemzi, továbbá csak olyan GMO-k kaphatnak engedélyt, amelyeknek nincs káros hatása az emberi egészségre vagy a környezetre. Az irányelv a forgalomba hozatalt követően nyomon követési kötelezettséget is előír annak érdekében, hogy a hosszabb távú esetleges káros hatásokra is fény derüljön.
A genetikailag módosított mikroorganizmusok engedélyezésére a 90/219/EK irányelv vonatkozik, amelyet a 98/81/EK irányelv módosított, amely a géntechnológiával módosított mikroorganizmusok zárt rendszerben történő felhasználásáról szóló 2009/41/EK irányelv kiegészített.
További fontos jogszabályok: