A GMO-k élelmiszerként vagy takarmányként történő felhasználásának engedélyezését, GMO-kat tartalmazó vagy azokból előállított élelmiszerek vagy takarmányok, GMO-kból előállított élelmiszerek, takarmányok vagy GMO-kból előállított összetevőket tartalmazó élelmiszerek, takarmányok engedélyezését a 1829/2003/EK rendelet szabályozza.
A kérelmező az engedélykérelmet valamely tagállam illetékes hatóságához nyújtja be. Az illetékes hatóság a kérelmet az Európai Élelmiszerbiztonsági Hivatal (EFSA) rendelkezésére bocsátja, aki tájékoztatja a többi tagországot és a Bizottságot a kérelemről, rendelkezésükre bocsátja az összes kapcsolódó dokumentumot és a közvélemény számára is hozzáférhetővé teszi a nyilvános információkat. A továbbiakban véleményezi a kérelmet, és állásfoglalást bocsát ki, amelyben támogatja, vagy ellenzi az engedély kiadását (Az EFSA GMO paneljének véleményei megtekinthetők a http://www.efsa.europa.eu weboldalon). A tagállamoknak lehetőségük van arra, hogy észrevételeket tegyenek, vagy kifogást emeljenek az engedélykérelemmel kapcsolatban, de ezeket az EFSA-nak nem kötelessége figyelembe venni. Véleményét továbbítja a Bizottságnak, a tagállamoknak és a kérelmezőnek egy elemzéssel és indoklással együtt, és nyilvánosságra is hozza azokat. A nyilvánosság is észrevételeket tehet ezzel kapcsolatban a Bizottság felé (30 napon belül). A kérelemre vonatkozó javaslatát az Európai Bizottság az EFSA álláspontja alapján teszi meg. A végső döntést az 1829/2003/EK rendelet 35. cikk (2) bekezdésében leírt (ún. komitológiai) eljárásnak megfelelően hozzák meg. Ezek a szabályok a Lisszaboni Szerződés hatályba lépése óta erőteljesen megváltoztak.
A kérelem összeállítására és benyújtására vonatkozó általános követelményeket, azaz az általános és tudományos információk közlésére vonatkozó követelményeket, többek között a kimutatás és az azonosítás módszereit, illetve a referenciaanyagokat a Bizottság 503/2013/EU végrehajtási rendelete határozza meg.
Az engedélyezett termékek listája az Európai Unióban itt található.