Az Európai Unió és annak minden tagállama aláírta 2000-ben az élő, genetikailag módosított szervezetek biztonságos forgalmát, kezelését, felhasználását szabályzó Cartagena Jegyzőkönyvet, amelyet az Európai Unió 2002. június 25-én ratifikált.
A 2001/18/EK irányelv rendelkezik arról, hogy meg kell teremteni a Jegyzőkönyv végrehajtásának jogi feltételeit. A közösségi előírások ugyanis részletesen szabályozzák a géntechnológiai tevékenységet, de nem tartalmaznak rendelkezéseket a harmadik országokba történő GMO exportra vonatkozóan. Ezért a Jegyzőkönyvben előírt kötelezettségek teljesítése érdekében hozták meg a fenti rendeletet.
A rendelet tehát a GMO-k harmadik országokba történő kivitelét szabályozza, előírásai megfelelnek a Cartagena Jegyzőkönyvben foglalt rendelkezéseknek.
A Jegyzőkönyvben szerepel, hogy bármely részes fél alkalmazhatja saját belső szabályrendszerét az élő, módosított szervezetek határokon átnyúló szállítása esetén, amennyiben az a Jegyzőkönyvben foglaltaknak megfelelő szabályozást jelent. Ebben a rendeletben az EU deklarálja, hogy az EU területén belüli szállításokra saját jogszabályait fogja alkalmazni.